Если прошивка "влезла" - значит сама прошива ПРАВИЛЬНАЯ. Дело в том, что при "вливании" загрузчик проверяет не только биты четности, контрольные суммы (и т.д.), но и паузы (по времени) между байтами. То есть если пауза превышает 60mS (а один байт занимает всего 4.2mS), то прошива не будет залита (есть вероятность, что байт пропущен). Ведь самое страшное - влить прошиву "косячно" (например пропустив всего один байт).
По этому есть проблемы с "заливкой" (заливается не с первой попытки), когда на компьютере запущены процессы подтормаживающие работу с портами. Работа по этой проблеме ведется.
К стати, какой версией лоадера Вы пользуетесь?

Я пробовал и 1.9 и 1.10. В обоих случаях ситуация аналогичная.

1.10 использовал...
У меня стопарилась в конце.
То есть все заливается, в конце он грит то ли проверка что ли какая-то и бах - фигвам рисует. С нескольких попыток залилось.