Косяк прошивки или брак???
 

ПДЛ 2000 верс. 6.040

Всё вроде работает как положено за исключением одного:

Дистанционно заводится как положенно но если снять с охраны и потом опять поставить на охрану то встроенное реле стартера включается, но реле стартера на выносном блоке работает нормально. Тоесть всё будет работать если авто с дист. заведённым двиг. не снять и опять поставить на охрану.

Не могли бы Вы рассказать подробнее... если честно из написанного слабо представляю что происходит.
Но, хочу заметить что реле на выносном блоке и встроенные реле работают всегда синхронно :)

заметил ещё такую закономерность что встроенное реле стартера вкл. в момент запуска потом отсекается когда двиг запущен и опять вкл. вместе с АСС после задержки вкл. АСС 1мин.(АСС в момент работы стартера не вкл.)

Возмоно,у Вас перепутаны провода управления R1 и R2 на 3-х контактном разъёме,что втыкается в блок.

Как их там можно перепутать, разъём по другому же не войдёт.
Да и выносное реле ведь работает нормально.