алгоритмически никак - можно попробовать допканалом логику настроить.

Хочу снять аккумулятор(погонять).Какие нибудь негативные последствия в виде сброса настроек и других глюков после этого могут быть?

Нет.
Но все ваши действия на ваш страх и риск.

Могут. Был случай, при подключении аккумулятора сработал автозапуск. Авто с системой доступа без ключа. Стандартными способами заглушить двигл не возможно (кнопка не срабатывала). Помогло только удаление батарейки из метки.
Сбросятся настройки ГУ, адаптивности авт. коробки, но через пару недель настройки коробки будут работать, как прежде.

А если ввести сигналку в режим ТО и только после этого снять аккумулятор?

Anatom, можно и так) пожалуй безопаснее будет. я бы до этого через лоадер слил все настройки на комп, для страховки)))

Ну я так понял что человек зашел на форум по автосигнализациям, а конкретно на тему П5000, в сбросе питания ББ не вижу ничего плохого, вся память сохраняется, как написали выше, конечно лучше сделать бекап)
а вот что будет с машиной, это уже другое дело:)

Так и я про автосигнализацию. Сработал автозапуск Pandora 5000, причём на авто, как у человека.
Перед снятием аккумулятора авто, чтобы не связываться, с последующими возможными неприятностями и настройками, подключаю аккумулятор от бесперебойника (12В 7,2А ч) через диод (10А) параллельно штатному.

Ни разу такого не видел и даже не слышал)

Если бы сам не попал, тоже не поверил. 15 минут вокруг заведённого авто прыгал, заглушить не мог (зажигание от кнопки, коробка автомат). Что-то сильно глюкнуло. Пока про метку не вспомнил. Вытащил батарейку, заглушил, передёрнул аккумулятор и всё угомонилось. Тьфу, тьфу, тьфу...