Сначала стандартно моргал (не быстро) и загорался красным, сейчас сразу загорается красным.

A в программирование входит без пинкода ? Ну usb подключили и сразу в программировании ? . Метки то в систему прописали ?

Когда подключаю USB, моргает пауза моргает ещё два раза зелёным, что снята со охраны. Точно так же как и старая. Вход в программирование через пин код. Если отключить USB, то горит красным, и программирование не доступно, и через пин то же. Прошивку через USB перезаливал. В обоих режимах, через пин, и аварийно с зажатием кнопки.
Метки комплектные работали сразу же.

У Вас какой авто?
КАН подключение имеется?
Попробуйте отключить кан шину.
Обратите внимание на желтый провод, аналоговый вход "зажигание", на нем плюс должен появляться только тогда когда включено зажигание.

Сигнализация сейчас на столе. Что интересно что на самой первой прошивке 0.82, она запускается нормально, но не работает модем. На всех остальных не работает вообще, горит красным.

12В питание на систему подключили?
GSM и сирена работает только при внешнем питании 12В.
На метки реагирует?
В охрану становится\снимается?
В сервисный режим заходит?
На желтый провод (зажигание) реагирует? Выходит из сервисного режима?
Код модели в настройках CAN указан?
Попробуйте запретить чтение и управление в кан шине.

Итог такой. Если сигнализация подключена к 12 вольтам через штатный разъём и подключен USB кабель, то система полно функционально работает (работает всё - снятие-постановка, сирена, режим программирования, дозвон проходит, при сработке датчика удара - отсылает смс и звонок...). Если USB отключить, то при подключении 12 вольт - серия вспышек зелёный - красный и далее загорается непрерывно красный. После чего сигнализация ни на что не реагирует. По всей видимости проблемы в железе. Настройки сбрасывал, кан отключал полностью.

Вот не помню .. на 44 и 43 и 42 линейке основной разъем можно на 180° перевернуть или нет ? Не по схеме, а именно руками .

Нет! Здесь по другому вставить нельзя.

Проверяйте внимательно питание +12В и общий, нормально ли контачат в коннекторе, нет облома провода?
Похоже у Вас проблема с питанием +12В или общим проводом.