Madrover, установка пандоры и стёкла никак не должны быть связаны. 1.Либо сигнал от ключа по дороге теряется (слабая батарейка в ключе)
2.Либо блок кнопок на водительской двери.
1.Сидя в машине попробуй закрыть стёкла со штатного брелка, брелок держи возле кнопок.
2.Поменть блок кнопок и прописать ключи заново.