А если логика канала будет такова, что он активируется только при наличии метки. Соответственно, поставил на охрану, замки капота закрылись, завожу с телефона, метки нет, соответственно, канал не активируется и замки капота закрыты, прихожу открываю, сажусь, метка нашлась, замки капота открылись. Тогда будет работать или не получится?

Если кодовый канал будет активирован по событию при появлении метки, то в этом случае будет то что Вы хотите.
Но повторюсь, я этот режим не проверял:)

igbqjy, спасибо за помощь, надо попробовать теорию на практике :)
По вопросу с штатной сигналкой вариантов похоже не много:
1. Отключать штатную систему, оставлять лишь ЦЗ. Удастся ли добиться управления с ключа без использования кнопки на метке вот в чем вопрос. Сейчас, если включены обе системы, то при АЗ штатная срывается в тревогу, после чего с ключа Пандору не снять с охраны, только нажатие кнопки на метки, что не очень удобно.
2. Если сигнал зажигания приходит аналогом на блок SMART-KEY - найти этот провод и отключать при автозапуске выходом обходчика, тогда все ОК. Если сигнал идет по КАН-шине, то ничего не выйдет. Отсюда вопрос - как узнать, каким образом идет сигнал?

У каких установщиков Вы ставили систему 4400?
Судя по всему, они организовали АЗ/ДЗ без отключения штатного иммо. Отсюда и все Ваши проблеммы со срабатыванием штатной сигнализацией при АЗ.
Если так хотите оставить штатную сигнализацию, то Вам должны установить обходчик иммо. Есть разного типа. В основном применяются с использованим чипованного штатного ключа или самого чипа. Есть и безчиповые.

У нас в Перми выбор небольшой, у самых адекватных и ставил :)

Обходчик точно ставили, из второго ключа чип достали.

Ну да, точно ставили, иначе авто бы не заводилось дистанционно:)
Тогда получается, что обходчик включается позже, чем поступает команда на АЗ. И штатная сигналка успевает включиться при появлении + на проводе зажигания когда штатное иммо не отключилось.
Нада проверять(с)
Да, и скорее всего, 4400 к твоему авто подключили по кану. Поэтому тот способ, с отключением провода №9, что я предлагал, не подойдёт. Он и так не подключен.
Остаётся только программировать кодовый канал №10к и цифровое реле НМ-05 подключать к нему.

На моей Хонде была такая же история, штатная сигнализация била тревогу при АЗ.
В итоге так и не смогли ее успокоить и отключили совсем.

Да, именно по КАНу подключена. В пн. отдаю, чтоб пробовали подклчить НМ-5 к системе и программировали по каналу №10, надеюсь все получится.

Есть еще один способ, пока лишь теоретический: если сигнал зажигания приходит аналогом на блок SMART-KEY - найти этот провод и отключать при автозапуске выходом обходчика, тогда все ОК. Если же сигнал идет по КАН-шине, то похоже, что ничего не выйдет.

И еще один непонятный глюк остался по которому пока ничего не понятно
Незакрытие замков капота при включении фар. Если при езде включаю фары, то замки не закрываются при постановке в охрану, если без фар, то все хорошо.

в 4400 вряд ли со штаткой разберетесь, в 3700 мы игрались со временем между нажатиями кнопки старт-стоп и все получилось именно в 50 камри

Ага, продолжай :) Что программировали?